DETAILED PHYLOGENETIC MOLECULAR SUBTYPING OF YERSINIA PESTIS BY THE SNPS+ STRATEGY: TAKING A PLAGUE OUTBREAK IN QINGHAI–TIBET PLAGUE FOCI AS AN EXAMPLE ДЕТАЛЬНОЕ ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКОЕ МОЛЕКУЛЯРНОЕ СУБТИПИРОВАНИЕ YERSINIA PESTIS С

Abstract

Plague, caused by Yersinia pestis, has been classified as a reemerging infectious disease by the World Health Organization. Human plague in Qinghai Province mainly originates from local plague hosts, such as Marmota himalayana and Tibetan sheep (Ovis aries). From September to October 2004, there was a human pneumonic plague outbreak in Nangqian County, Yushu Prefecture, Qinghai Province, China. Three families were involved in this outbreak, and a total of 14 people were infected, with 6 people dying. The infection route for the index plague case in this outbreak was suspected to be a bite by a flea from M. himalayana preyed upon by shepherd dogs. To phylogenetically characterize the population of Y. pestisinvolved in this outbreak, we first analyzed the phylogenetic lineage relationship of Y. pestis in Qinghai Province based on a previously documented 2298-SNP scheme. Furthermore, using the SNPs+ strategy, we found that the infection processes in the three families were consistent with the epidemiological analysis results. This analysis indicated that a SNP+ strategy could be used in detailed molecular epidemiological investigations, which is very useful for infection process analysis in plague outbreaks. Чума, вызываемая бактерией Yersinia pestis, классифицирована Всемирной организацией здравоохранения как вновь возникающее инфекционное заболевание. В провинции Цинхай чума у человека в основном возникает от местных носителей чумы, таких как гималайский сурок (Marmota himalayana )и домашняя тибетская овца (Ovis aries). С сентября по октябрь 2004 года в уезде Нанцянь, префектура Юйшу, провинция Цинхай, Китай, произошла вспышка легочной чумы у человека. В этой вспышке пострадали три семьи, в общей сложности заразились 14 человек, 6 из которых умерли. Предполагаемым путем заражения первого случая чумы в этой вспышке был укус блохи M. himalayana, которая питается на пастушьих собаках. Для филогенетической характеристики популяции Y. pestis, участвовавшей в этой вспышке, мы сначала проанализировали филогенетическую взаимосвязь линий Y. pestis в провинции Цинхай на основе ранее описанной схемы 2298-SNP. Кроме того, используя стратегию SNP+, мы обнаружили, что процессы инфицирования в трех семьях соответствуют результатам эпидемиологического анализа. Этот анализ показал, что стратегия SNP+ может быть использована в детальных молекулярно-эпидемиологических исследованиях, что очень полезно для анализа процессов инфицирования при вспышках чумы. Yersinia pestis бактериясы тудыратын обаны Дүниежүзілік денсаулық сақтау ұйымыжаңадан пайда болған жұқпалы ауру ретінде жіктейді. Цинхай провинциясында адам обасы негізінен Гималай суыры (Marmota himalayana) және тибеттік үй қойлары (Ovis aries) сияқты жергілікті оба тасымалдаушыларынан туындайды. 2004 жылдың қыркүйегінен қазанына дейін, Қытайдың Цинхай провинциясындағы Юйшу префектурасының Нанцянь уездінде адамда өкпе обасының бұрқетпесі болды. Бұл бұрқетпеде үш отбасы зардап шекті, барлығы 14 адам обаны жұқтырды, олардың 6-ы қайтыс болды. Бұрқетпеде обаның алғашқы жағдайын жұқтырудың болжамды жолы M. himalayana бүргесінің қойшы итті шағуы болды. Осы бұрқетпені тудырған Y. pestis популяциясының филогенетикалық сипаттамасы үшін, алдымен бұрын сипатталған 2298-SNP схемасы негізінде Цинхай провинциясындағы Y. pestis сызықтарының филогенетикалық байланысы талданды. Сонымен қатар, SNP+ стратегиясын қолдана отырып, біз үш отбасындағы инфекция жұқтыру процестерінің эпидемиологиялық талдау нәтижелеріне сәйкес келетінін анықтадық. Бұл талдау SNP+ стратегиясын егжей-тегжейлі молекулалық-эпидемиологиялық зерттеулерде қолдануға болатынын көрсетті, бұл оба бұрқетпелері кезіндегі жұқтыру процестерін талдау үшін өте пайдалы.